許多魚友認為：「硝化菌系統建立完成，水質自然清澈...」，甚至有些魚友以為：「水質乾淨清澈後，魚缸內的硝化菌系統就建立了！」其實，這是兩種不同功效的必要益菌，硝化菌群是無法讓水質清澈的！
產生這樣錯的認知，是對菌群認解錯誤，硝化細菌群，只能降低氨和亞硝酸鹽濃度，無法分解有機污垢、雜質、細微漂浮物...等，培養硝化細菌的目的，在於「消毒」，而魚隻排泄物、飼料殘餌、有機雜質...等產生的污垢，可藉由過濾器中的海棉類濾材阻擋，避免再度回流至魚缸，但無論使用那一種海棉類濾材，因棉體間孔隙較大，無法完全有效阻擋細微的污垢而又回流至魚缸中，這也是為何魚缸的水始終無法清澈，總是霧霧的，若仔細去觀察水，即可發現充滿不少極細微的有機雜質。
面對這些愈來愈多細微的有機雜質，除提高過濾系統中物理過濾的擋污除垢功效外，另外可藉助腐生菌的分解，達到水質清澈目的。腐生菌的主要目的，在於「分解有機物」，將極細微的有機物分解，當水體中有機物質數量減少，自然水就會清澈。
有機物沈澱至魚缸底部，坦若有鋪設底砂，有機物會「卡」在砂石縫隙中而逐漸下沉，在水流及水壓力擠壓下，有機物質體積尺寸會愈來愈小，這些極為細小有機物，正好是「躲藏」在缸底砂石層的腐生菌群的「食物」來源，而將其分解，讓水變得更清澈。藉助腐生菌達到淨水，運用在水產、水族養殖業上是相當普遍，早已被廣泛使用。
腐生菌並非是某一菌種，它是多種菌種的總稱，如同硝化菌一樣，並非是單一菌種。常見的腐生菌種，有：光合細菌、芽孢桿菌、放線菌、蛭弧菌...等，許多魚友較為熟悉，能及時降解水體有機物的枯草芽孢桿菌，就是腐生菌的一種。
硝化菌群與腐生菌群，都是養殖上必要的益菌，這兩種益菌群是不同屬性的菌群，會同時並存在養殖池（槽）、魚缸中，當有機物雜質愈多，產生的氨氣值愈多，愈有利於硝化菌群適存，相反地，當有機物雜質被腐生菌大量分解，「食物」大量減少，硝化菌群數量也會隨之減少。
腐生菌群與硝化菌群，這兩種益菌群都是養魚不可缺少的益菌，前者負責將有機物雜質分解，後者主要在於降低氨和亞硝酸鹽濃度。在你的魚缸中，並非只有硝化菌群。
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